首发于生信百科写文章生信入门系列之 linux 入门（一）：初识 linux 系统ginkgo生物信息33 人赞同了该文章Linux是一个的操作系统，是生物信息分析中必不可少的工具。在 linux 系统中，所有的管理任务均可以在一个叫终端（terminal）的控制面板里完成，包括文件处理，软件安装以及用户管理。这个终端是交互的，即你运行特定的命令，相应的结果会在这个终端上显示出来。运行命令的方式是：在终端上输入你希望运行的命令，然后按回车键（Enter）。如果你想终止正在运行的命令，可以按 Chrl + C。
不同于 windows 系统，linux 的文件系统是一个目录树（directory tree）；如下图所示，其文件系统为一个树状结构。最顶端 “root”，用斜杠 “/” 表示。一般来说，普通用户，无论是直接打开终端还是远程登陆服务器，所在的位置一般是在 /home/foo 下，其中的 foo 在这里指代用户名。
对于 windows 用户来说，可以通过一个轻量级的软件 putty （约 500 kb；百度可下载；双击软件即可使用，无需安装）来远程登陆服务器，登陆方法如下图，图中的序号为操作顺序：
首先在 Host Name（or IP address）下方的框框中输入服务器的的 ID 地址，并单击 “Open” 选项；putty 会弹出一个警告框，点击否；最后最出现下图 3 中的界面，在 “login as：“ 后输入你的用户名，回车后输入登陆密码（直接输入就行了，是看不到显示的）。打开终端或是远程登陆服务器时，如果你想查看当前所在的位置，可以在终端输入如下命令，并按回车键：
pwd这个 linux 命令意思是“打印当前工作目录”，是 “print working directory” 的英文缩写；其返回结果是一个绝对路径（就是从根目录开始，依次将各级子目录的名字组合起来），应该类似这样：
/home/foo与上述的树状文件系统相互比照，是不是立马清楚自己到底在哪里了？就好像 windows 下，到底在哪个盘的哪个文件夹里一样。这个绝对路径很有用，它不仅让我们知道自己在哪儿，同时还可以告诉系统某个软件在哪儿，以及告诉软件要操作的文件在哪儿。举个例子吧，比如说我想调用一个软件，叫 vcftools，那么，我要运行它，只需要在终端输入如下命令并回车：
vcftools –vcf input_data.vcf就可以轻轻松松算出 variants 的数目和 individuals 的数目。但很不幸的是，你也有可能得到如下结果：
bash: vcftools: command not found大概意思就是，系统找不到这个命令在哪儿。可能有人会问了，既然是一个命令，为什么系统会找不到呢？其实，在linux 系统中，有一个非常核心的概念：一切皆文件！即在linux环境下，任何事物都以文件的形式存在。所以，如果你的从 vcftools 安装在 /home/foo/biosoft/vcftool-0.1.13/bin 这个绝对路径下，那么，你就可以这样运行它：
/home/foo/biosoft/vcftool-0.1.13/bin/vcftools –vcf input_data.vcf就可以的结果啦。但也有可能得到如下结果：
VCFtools – v0.1.13(C) Adam Auton and Anthony Marcketta 2009Parameters as interpreted:–vcf input_data.vcfstat error: No such file or directoryError: Can’t determine file type of input_data.vcf这时也不要慌，只要在输入文件前加上绝对路径即可。加入 input_data.vcf 文件在 /home/foo/vcffile 下，可以这样运行：
/home/foo/biosoft/vcftool-0.1.13/bin/vcftools –vcf /home/foo/vcffile/input_data.vcf这时，如无意外，就可以得到如下结果了：
VCFtools – v0.1.13(C) Adam Auton and Anthony Marcketta 2009Parameters as interpreted:–vcf /home/foo/vcffile/input_data.vcfUsing zlib version: 1.2.3.4Versions of zlib >= 1.2.4 will be *much* faster when reading zipped VCF files.After filtering, kept 16 out of 16 IndividualsAfter filtering, kept 1116595 out of a possible 1116595 SitesRun Time = 5.00 seconds如果还报出一些奇奇怪怪的错误提示，那就首先检查一下您的输入法中是否为纯英文状态，中文和全角状态下的输入的空格都是会报错的。同时，linux 里，软件对字母大小写是敏感的，即 linux 认为 A 和 a 是两个不同的事物；也就是说大小写也是会造成错误的。
前面，我多次提到了绝对路径这个概念，不少心思敏捷的童鞋就会想了，有没有相对路径？有的。
举例说明，假如我们在 /home/foo 这个路径下，并且我们知道该路径下有 vcffile 和 biosoft 这两个目录；那么，我们可以这样运行上述的命令：
biosoft/vcftool-0.1.13/bin/vcftools –vcf vcffile/input_data.vcf可以看到，biosoft/vcftool-0.1.13/bin 和 vcffile 这两个路径都不是以斜杠 / 开头的，所以这两个路径都是相对路径。当然了，你也可也这样运行：
biosoft/vcftool-0.1.13/bin/vcftools –vcf /home/foo/vcffile/input_data.vcf 亦或这样：
biosoft/vcftool-0.1.13/bin/vcftools –vcf vcffile/input_data.vcf 也可以进到 vcffile 这个目录里，这样运行：
/home/foo/biosoft/vcftool-0.1.13/bin/vcftools –vcf input_data.vcf 或者这样（ “..” 在这里代表上级目录，相应的，”../..“ 代表上级目录的上级目录）：
../biosoft/vcftool-0.1.13/bin/vcftools –vcf input_data.vcf 总之，想怎么运行，看心情！
相信看到这里，会有记忆力超好的童鞋会问了，我该如何像运行 pwd 那样运行 vcftools 呢？而不是在它前面加上一大串绝对路径或是相对路径！
要回答这个问题，小编先给大家展示两个命令（不深入讲解）：
which pwd返回的应该是：
/bin/pwd第二个是：
echo $PATH会返回类似下面的结果：
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/home/foo/biosoft/vcftool-0.1.13/bin眼尖的童鞋会发现，上面一串结果其实就是许多绝对路径通过 “:” 连接在一起的（叫做环境变量），其中有一个路径 “/bin” ；而 which pwd 返回的结果是 /bin/pwd。这两个有什么关系呢？其实不必深究，我们只需要知道，linux 把 pwd 看作一个文件（还记得前面说的“一切皆文件”吗），linux 系统会在上述的环境变量中从左往右依次查找，看某个路径下是否有 pwd 这个文件，然后执行这个命令。并且，环境变量是可以编辑的， 即可在环境变量 “PATH” 中添加特定的路径。同理，如果我们的 vcftools 软件（其实就是个文件）的路径也在上述的路径中，就可以在终端直接输入 vcftools 就可以运行了。
那么问题来了，我们该如何将特定软件的路径发到上述的环境变量 “PATH” 中呢？
只需要通过 export 命令，在终端中输入以下内容，回车后，就可以将 vcftools 的路径导入到上述的环境变量中：
# vcftools （井号后的内容 linux 系统不会读取，可以做注释）export PATH=$PATH:’/home/foo/biosoft/vcftool-0.1.13/bin’ # 添加这一行就行了，export 后要加空格，不要换行。就会得到类似这样的结果：
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/home/foo/biosoft/vcftool-0.1.13/bin当然，如果你是这样输入的，
export PATH=’/home/foo/biosoft/vcftool-0.1.13/bin’:$PATH那就应该得到类似这样的结果：
